在这种情况下，你可以从以下几个方面来分析和处理：
 
1. 查看京东退店规则和相关协议：
- 仔细研究你在入驻京东时所签订的商家协议以及京东的退店规则，明确在退店后关于订单退款处理的责任划分和具体规定。如果规则中明确规定了退店后京东仍有权处理某些特定情况下的订单退款，且你当时同意了该协议，那么京东的行为可能是有依据的，但也需要进一步确认该订单是否符合相关特殊情况的定义。
- 若协议中没有明确提及退店后京东可以在未经过商家同意的情况下进行退款处理，那么京东的行为可能存在不当之处。
2. 核实订单的具体情况：
- 了解该订单的具体信息，包括订单的下单时间、发货时间、客户申请退款的时间和原因等。判断该订单是否确实存在需要退款的合理情形，例如商品质量问题、客户未收到货等。如果订单本身不存在问题，京东的退款处理可能是错误的。
- 查看你与客户之间的沟通记录，确认你是否已经按照正常的流程处理了客户的售后问题，或者是否与客户就该订单的处理达成了一致意见。
3. 与京东沟通协商：
- 主动联系京东的客服或相关负责人，向他们说明你对该退款处理的疑问和不满，要求他们给出合理的解释和处理方案。在沟通时，要保留好聊天记录、邮件等沟通凭证，以备后续可能的维权使用。
- 如果京东方面承认退款处理存在错误，你可以要求他们撤销退款操作，并停止向你追讨款项。如果京东方面坚持要求你补交款项，你可以要求他们提供相关的证据和依据，以证明他们的行为是合理的。
4. 寻求法律帮助：
- 如果与京东的沟通协商无法解决问题，你可以考虑寻求法律帮助。咨询专业的律师，向他们详细介绍事件的经过和你所掌握的证据，让律师根据相关的法律法规为你提供专业的法律建议和维权方案。
- 根据律师的建议，你可以决定是否通过法律途径来解决纠纷，例如向法院提起诉讼，要求京东承担相应的法律责任，赔偿你的损失。
 
总之，对于京东在你退店后未经你同意进行退款处理并要求你补交款项的问题，你需要认真分析具体情况，依据相关规则和协议进行维权，保护自己的合法权益。