强制招投标项目
    阴阳合同均无效：
    一方欺诈胁迫损害国家利益等：若 “阴合同” 或 “阳合同” 存在一方以欺诈、胁迫的手段订立合同，损害国家利益；恶意串通，损害国家、集体或者第三人利益；以合法形式掩盖非法目的；损害社会公共利益；违反法律、行政法规的强制性规定等《合同法》第 52 条规定的情形，合同无效。
    承包人资质问题等：承包人未取得建筑施工企业资质或者超越资质等级；没有资质的实际施工人借用有资质的建筑施工企业名义；建设工程必须进行招标而未招标或者中标无效，应当认定合同无效。
阳合同部分条款有效：如果开发商与施工企业在招投标手续方面并未违反法律法规的规定，则一般认定经过备案的 “阳合同” 关于工程价款结算的约定内容部分是有效的，按备案合同的约定确定工程价款等问题。
    不存在阴合同情形：招标人和中标人在中标合同之外就明显高于市场价格购买承建房产、无偿建设住房配套设施、让利、向建设单位捐赠财物等另行签订合同，变相降低工程价款，一方当事人以该合同背离中标合同实质性内容为由请求确认无效的，人民法院应予支持。
自愿招投标项目
    未进行招投标：法律、行政法规规定不是必须进行招标的建设工程，实际也未依法进行招投标，当事人将签订的建设工程施工合同在当地建设行政管理部门进行了备案，备案的合同与实际履行的合同实质性内容不一致的，应当以当事人实际履行的合同作为结算工程价款的依据。备案的中标合同与当事人实际履行的施工合同均因违反法律、行政法规的强制性规定被认定为无效的，可以参照当事人实际履行的合同结算工程价款。
    进行了招投标：发包人将依法不属于必须招标的建设工程进行招标后，与承包人另行订立的建设工程施工合同背离中标合同的实质性内容，当事人请求以中标合同作为结算建设工程价款依据的，人民法院应予支持，但发包人与承包人因客观情况发生了在招标投标时难以预见的变化而另行订立建设工程施工合同的除外。
其他特殊情况
    变更合同有法定事由：当事人签订中标合同后，如果出现了变更合同的法定事由，双方协商一致后可以变更合同或签订不同协议，且合同变更的内容或补签订协议及时到有关部门备案的，变更后的合同具有法律效力。此外，根据《最高人民法院关于审理建设工程合同纠纷案件适用法律问题的解释》第 19 条，当事人对工程量有争议的，按照施工过程中形成的签证等书面文件确认，此种情况无需备案。
    难以区分阴阳合同：没有时间先后、不能证明时间先后或虽有时间先后但双方履行的是先签订的合同的，则以实际履行的合同为准，既无时间先后，又无法证明实际履行情况的，则以备案的合同为准。